После того, как я решил использовать PHPDoctor вместо phpDocumentor, я заметил, что при подсветке синтаксиса с помощью подключенного модуля GeSHi, ссылки являются открытыми для перехода по ним поисковыми роботами.
Встала задача добавить к ссылкам rel="nofollow", так как документацию я собирался разместить в Интернете.
Для решения задачи идем в папку geshi в папке с установленным PHPDoctor:
/var/www/phpdoctor/geshi
Открываем файл geshi.php, находим строчку:
return '<|UR1|"' .
str_replace(
array('{FNAME}', '.'),
array(GeSHi::hsc($word), '<DOT>'),
$this->language_data['URLS'][$group]
) . '">';
и заменяем ее на:
return '<|UR1|"' .
str_replace(
array('{FNAME}', '.'),
array(GeSHi::hsc($word), '<DOT>'),
$this->language_data['URLS'][$group]
) . '" target="_blank" rel="nofollow">';
Как видно, в принципе изменилась только последняя строчка. Я также добавил target="_blank", чтобы ссылки открывались в новой вкладке.
Теперь при создании документации, все исходящие ссылки будут закрыты от переходов поисковых роботов.